リアルタイムで論文作成１

現在，修士学生さんの研究内容をまとめているところです。卒業してから何度か来て頂いて，こちらもまとまった時間を作ってというか，時間の寄せ集めを行い，何とかここまで辿り着きました。本日，サバイバル試験についてログランク検定や，他のグラフの有意差検定を終わらせ，やっと図の断片をまとめることができました。生物学的な統計解析を行なう場合には，Prismというソフトがお薦めです（堀口さん，ありがとう！）。各種グラフをPrismで作成した後は，グラフを最高解像度で画像化してエクポートし，イラストレーター上でまとめ上げて行きます。グラフの文字・数字の部分はジャギーにならないようにイラレ上で再度打ち込んで，私の場合，9-10 ポイントのHelveticaで統一して作成しています（ま，ジャーナルによって推奨フォントが異なりますが）。イラレが好きな理由として，イラレで編集可能なPDFとして保存することができる点ですね。論文を送付するときには，ほとんどの雑誌社がPDFを推奨していますので，無駄なファイルを増やさないためにも，イラレは重宝しています。

作図後，プリントアウトして，スタッフとディスカッションを行い，細かな部分を詰めました。とりあえず，図の全体像が完成。

明日からは論文を書いていきます。ジャーナルの投稿規定を熟読して，まずタイトル，アブストラクト，イントロ，結果，考察，，，という順序で，骨子となる項目を書き込んでいきます。ここからはMindMapを使って骨子を考えていきます。例えばEPECのエフェクター関連のイントロなら，EPECの大凡の病原因子論，病原性発揮にはIII型分泌装置が関与すること，III型分泌装置の基本的な概略，次いでそこから分泌されるエフェクターの概要，エフェクターのレパートリー，次いで論文の題材となるエフェクターに触れ，これまでの報告があるのなら簡単に触れて，今回の論文で何を明らかにするのか焦点を絞って，イントロの最後に非常にさらっと論文概要を述べて，読者を引きつけてから，結果に入っていきます。まあこの辺の流れは，何を強調したいのか，また各ジャーナルの性質（専門誌なのか一般誌なのか）によっても異なります。

話を戻すと，それぞれの骨子をMindMapで決めてから書き始めると，ぶれません。上記イントロの例で説明すると，[EPECの大凡の病原因子論], [病原性発揮にはIII型分泌装置が関与すること]が個々の分岐となります。大枝である[EPECの大凡の病原因子論]は，さらに[EPECは主に乳幼児に下痢を起こす],[EPECの類縁菌としてEHECがある]という小枝に分岐していきます。あとは文章を各枝に従って紡いでいけば良いことになります。骨子の部分が決まらないままに書き始めると，重複があったり，文脈が前後したりと，あとで大変な思いをすることになります。まあ，散々な思いを今までたくさんしてきたので，骨子の重要性を述べているのですが。。。

ということで明日からいよいよ本番です。
いやしかし，図の構成が決まったので，あとは前に向かって突き進むだけです！
明日からはiMindMap, ワード，EndNote, Papersというソフトが主戦場となります。

それでは〜。